Kromě toho pořádá muzeum řadu krátkodobých výstav – aktuálně zde najdete např. Interaktivcní výstavu Zahrada 2, která oživuje příběh legendární knihy Jiřího Trnky. Pod správu muzea patří také Braunerův mlýn s expozicí představující ateliér Zdenky Braunerové, první české profesionální malířky. 

Součástí areálu muzea je také unikátní expozice Archevita – stopami věků, která prostřednictvím modelů v životní velikosti a interaktivních prvků přibližuje život našich pravěkých předků.